โรงเรียนพังตรุราษฎร์รังสรรค์ แบ่งโครงสร้างการบริหารงานเป็น ๔ กลุ่มงาน ได้แก่ กลุ่มงานวิชาการ กลุ่มงานบุคคล กลุ่มงานงบประมาณ และกลุ่มงานบริหารทั่วไป ในการบริหารงานของโรงเรียนจะได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐานโรงเรียนได้รับการสนับสนุนจากองค์กรภายนอกและชมรมศิษย์เก่าอย่างสม่ำเสมอโดยเฉพาะด้านงบประมาณ จัดหาสื่ออุปกรณ์ปรับปรุงพื้นที่โรงเรียนการบริหารงานภายในโรงเรียนเป็นไปอย่างเป็นระบบ เน้นการกระจายอำนาจและการ มีส่วนร่วมโดยให้แต่ละกลุ่มงาน/กลุ่มสาระ/งานจัดทำโครงการและดำเนินการตามแผนปฏิบัติการประจำปีของโรงเรียนเพื่อพัฒนาคุณภาพการศึกษาโดยการดำเนินงานตามโครงการสอดคล้องกับมาตรฐานนโยบายของสานักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานและสนองตอบพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๒ นอกจากนี้โรงเรียนได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนคุณภาพประจำตำบล (ระดับมัธยมศึกษาของอำเภอท่าม่วง) และโรงเรียนนำร่องพื้นที่นวัตกรรมการศึกษาจังหวัดกาญจนบุรี